La desembocadura es la parte más baja de un flujo de agua, como un río, arroyo, o canal de riego, es decir, aquella sección del curso de agua donde vierte las aguas al mar, a otro río, arroyo o a un lago.^{[nota 1]}​

Puede tener las siguientes formas:

• Estuario
• Ría
• Delta

Las desembocaduras de cursos de agua al mar son, generalmente, lugares de alta diversidad biológica, por tratarse del lugar donde el agua dulce y la salada se combinan para formar aguas más o menos salobres, y donde los nutrientes y sedimentos transportados por el río se diluyen y precipitan. Una desembocadura a menudo se prolonga bajo el agua mediante una zona de sedimentación o mediante un cañón submarino.